Dinas Pendidikan dibentuk Sesuai Peraturan Daerah Kabupaten Kebumen Nomor 7 Tahun 2016 Tentang Pembentukan Dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kebumen, dan Perubahan Struktur Organisasi dan Tata Kerja yang diatur dalam Peraturan Bupati Kabupaten Kebumen Nomor 66 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi, Serta Tata Kerja Dinas Pendidikan Kabupaten Kebumen.

Susunan Organisasi Dinas Pendidikan, Kepemudaan dan Olahraga Kabupaten Kebumen terdiri dari :

a. Kepala Dinas;  ( Kadinas YANIE GIAT SETYAWAN, S.Sos., M.Acc )

b. Sekretariat, membawahi :  ( Sekdin AFIFAH INDRAWATI, S.E,Ak.M.M . )

1. Subbagian Umum dan Kepegawaian;  ( Kasubbag FAUZIAH NUGRAHENI, S.Sos. )
2. Subbagian Keuangan; dan   ( Kasubbag MAS RORO SRI WIDIASTUTI, SE. )
3. Kelompok Jabatan Fungsional.  ( EKO BUDIYONO, SE, MSi. )

c. Bidang Pendidikan Anak Usia Dini dan Pendidikan Non Formal, membawahi :  ( Kabid TITU HARINI, S.Pd.)

1. Seksi Pendidikan Anak Usia Dini; ( Kasi ENDANG WIDURI, S.Sos.)
2. Seksi Pendidikan Non Formal;  ( Kasi PURWONO SUWAHYA, S.Pd.SD.)
3. Kelompok Jabatan Fungsional 

d. Bidang Pendidikan Sekolah Dasar, membawahi : ( Kabid BACHTIAR ACHMAD, ST,M.,Ec,,Dev.)

1. Seksi Kurikulum, Peningkatan Mutu, Sarana dan Prasarana Sekolah Dasar;  ( Kasi ARIFIANTO, A.Md. )
2. Seksi Administrasi Pendidik dan Tenaga Kependidikan Sekolah Dasar;  ( Kasi  ISTI KOMARIYAH, S.ST. )
3. Kelompok Jabatan Fungsional 

e. Bidang Pendidikan Sekolah Menengah Pertama, membawahi : ( Kabid  MARTIYONO, S.Pd., M.Pd. )

1. Seksi Kurikulum, Peningkatan Mutu, Sarana dan Prasarana Sekolah Menengah Pertama;  ( Kasi NUR CAHYANI, S.Pd. )
2. Seksi Administrasi Pendidik & Tenaga Kependidikan Sekolah Menengah Pertama, ; ( Kasi CAHYO NGADMANTO, S.H.)
3. Kelompok Jabatan Fungsional

f. Bidang Kepemudaan dan Olahraga, membawahi : ( Kabid  TRI MUJIYANTO, S.Sos, M.Si)

1. Subkoordinator Pembinaan Generasi Muda; ( Kasi  NURWIYANTO, S.Sos.)
2. Subkoordinator Pembinaan Olahraga; ( Plt. 
3. Subkoordinator Sarana dan Prasana. ( Kasi  ENDAH SUSIE WIDIASTUTIE, S.H., M.M. )

g. Unit Pelaksana Teknis.

Peraturan Bupati Kebumen Nomor 138 Tahun 2021 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, Serta Tata Kerja Satuan Pendidikan.

Peraturan sebelumnya

Peraturan Bupati Kebumen Nomor 68 Tahun 2018 Tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi, Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Daerah Satuan Pendidikan Formal Taman Kanak-Kanak Negeri, Satuan Pendidikan Formal Sekolah Dasar Negeri, Satuan Pendidikan Formal Sekolah Menengah Pertama Negeri Dan Satuan Pendidikan Non Formal Sanggar Kegiatan Belajar.